Η καλλιτεχνική συνεισφορά του Γούντι Άλεν είναι αδιαμφισβήτητη, ωστόσο η προσωπική ζωή του παραμένει τουλάχιστον αμφιλεγόμενη, με κόκκινο πανί τη σχέση του με τη θετή κόρη της πρώην του, Μία Φάροου, τη Σουν Γι Πρέβιν. Αν και ο ίδιος δεν την έβλεπε ποτέ σαν πατέρας όπως έχει ισχυριστεί, καθώς η Σουν Γι είχε υιοθετηθεί από τη Μία και τον τότε σύντροφό της, Άντρε Πρέβιν.
Η Πρισίλα Γκίλμαν, που έχει υπάρξει κορίτσι του Μάθιου Πρέβιν, γιου του Άντρε, είπε στο Vanity Fair πως όταν ξεκίνησε η σχέση της έφηβης ακόμα Σουν Γι με τον Άλεν, το κορίτσι ξαφνικά μεταμορφώθηκε, "άρχισε να φοράει απίστευτα σέξι ρούχα και μαύρες μπλούζες και μικροσκοπικές φούστες και γόβες. Έλεγε, μην το πεις στη μαμά, πάω στο σπίτι ενός φίλου". Όπως έγραψε το ίδιο περιοδικό, η Μία Φάροου ανακάλυψε τη σχέση του Άλεν με τη θετή κόρη της όταν βρήκε στο σπίτι του μια στοίβα από "πικάντικες" φωτογραφίες της Σουν Γι. Ο Άλεν υποστήριξε ότι η Μία τον είχε παρακινήσει να γνωρίσει καλύτερα τη Σουν Γι. "Μου έλεγε, κάνε μια βόλτα μαζί της. Προσπάθησε να γίνεις φίλος της". Αν και αναμφίβολα η Φάροου δεν εννοούσε αυτό το είδος σχέσης.
Ό,τι ξεκίνησε σαν ειδύλλιο, εξελίχθηκε για τον Άλεν και τη Σουν Γι σε σχέση ζωής και έναν γάμο, με έντονο το πατρικό στοιχείο σύμφωνα με μαρτυρίες. "Ήταν ορφανή, έξι ετών, στην Κορέα, ζούσε τρώγοντας από τα σκουπίδια και λιμοκτονούσε. Της έδωσα τρομερές ευκαιρίες και εκείνη έλαμψε. Ο ρόλος μου στη ζωή της μού έχει δώσει περισσότερη ευχαρίστηση από οποιαδήποτε ταινία μου" έχει πει ο σκηνοθέτης.
Η μεγάλη διαφορά ηλικίας τους – 35 χρόνια – δεν είναι το μοναδικό ασυνήθιστο χαρακτηριστικό του γάμου τους καθώς, μεταξύ άλλων, η Σουν Γι έχει δηλώσει πως δεν είναι φαν των ταινιών του και πως πέρα από τον κινηματογράφο, είναι απόλυτα άθλιος σε οτιδήποτε άλλο καταπιάνεται. Ο Άλεν έχει πει ότι πριν από τη Σουν Γι συνδεόταν ερωτικά μόνο με συνομήλικές του, ωστόσο σύμφωνα με μαρτυρίες άλλων στα 40-κάτι του έβγαινε με μαθήτριες λυκείου. Μια από αυτές μάλιστα φέρεται να ενέπνευσε το σενάριο της εμβληματικής ταινίας του "Μανχάταν" (1979), όπου ένας 42χρονος σεναριογράφος κωμικών ταινιών εμπλέκεται ερωτικά με ένα 17χρονο κορίτσι.
